आणविक बीम एपिटैक्सी उच्च निर्वात या अति उच्च निर्वात (1 x 10 .) में किया गया था^-8पा) पर्यावरण। आणविक बीम एपिटेक्सी का सबसे महत्वपूर्ण पहलू इसकी कम जमाव दर है, जो आमतौर पर फिल्म को 3000 एनएम प्रति घंटे से कम की दर से एपिटैक्सियल बढ़ने की अनुमति देता है। इस तरह की कम जमाव दर के लिए अन्य जमाव विधियों के समान स्वच्छता के स्तर को प्राप्त करने के लिए पर्याप्त उच्च वैक्यूम की आवश्यकता होती है।

ऊपर वर्णित अल्ट्रा-हाई वैक्यूम को पूरा करने के लिए, MBE डिवाइस (Knudsen सेल) में एक कूलिंग लेयर होती है, और ग्रोथ चैंबर के अल्ट्रा-हाई वैक्यूम वातावरण को लिक्विड नाइट्रोजन सर्कुलेशन सिस्टम का उपयोग करके बनाए रखा जाना चाहिए। लिक्विड नाइट्रोजन डिवाइस के आंतरिक तापमान को 77 केल्विन (-196 °C) तक ठंडा करता है। कम तापमान वाला वातावरण वैक्यूम में अशुद्धियों की मात्रा को और कम कर सकता है और पतली फिल्मों के जमाव के लिए बेहतर स्थितियाँ प्रदान कर सकता है। इसलिए, MBE उपकरण के लिए -196 °C लिक्विड नाइट्रोजन की निरंतर और स्थिर आपूर्ति प्रदान करने के लिए एक समर्पित लिक्विड नाइट्रोजन कूलिंग सर्कुलेशन सिस्टम की आवश्यकता होती है।