आणविक बीम एपिटैक्सी को उच्च निर्वात या अति-उच्च निर्वात (1 x 10⁻⁶) में संपन्न किया गया।^-8आणविक बीम एपिटैक्सी का सबसे महत्वपूर्ण पहलू इसकी कम जमाव दर है, जो आमतौर पर फिल्म को 3000 एनएम प्रति घंटे से कम की दर से एपिटैक्सियल रूप से विकसित होने देती है। इतनी कम जमाव दर के लिए अन्य जमाव विधियों के समान स्वच्छता स्तर प्राप्त करने के लिए पर्याप्त उच्च निर्वात की आवश्यकता होती है।

ऊपर वर्णित अति-उच्च निर्वात की स्थिति प्राप्त करने के लिए, एमबीई उपकरण (नडसन सेल) में एक शीतलन परत होती है, और वृद्धि कक्ष के अति-उच्च निर्वात वातावरण को तरल नाइट्रोजन परिसंचरण प्रणाली द्वारा बनाए रखना आवश्यक है। तरल नाइट्रोजन उपकरण के आंतरिक तापमान को 77 केल्विन (−196 °C) तक ठंडा कर देता है। कम तापमान वाला वातावरण निर्वात में अशुद्धियों की मात्रा को और कम कर सकता है और पतली फिल्मों के निक्षेपण के लिए बेहतर परिस्थितियाँ प्रदान कर सकता है। इसलिए, एमबीई उपकरण के लिए एक समर्पित तरल नाइट्रोजन शीतलन परिसंचरण प्रणाली की आवश्यकता होती है जो -196 °C तरल नाइट्रोजन की निरंतर और स्थिर आपूर्ति प्रदान करती है।